제가 사용하는 사무실의 하드디스크가 아주 느려서 비슷한 문제를 겪었습니다.
처음 PC를 받았을 때 그래픽은 ATi에다가 램이 2GB에 하드디스크가 640GB였죠.
게다가 메인보드는 SATA1이고 전반적으로 IO가 상당히 느린 녀석이었습니다.
(HP Compaq 완제품 PC였는데… 좋은 경험했습니다.)
우분투 9.04 64비트를 설치해서 썼는데,
파폭이 캐시하느라 하드디스크를 읽는 도중에 노틸러스로 이미지가 많은 디렉토리를 살핀다거나 하면
하드디스크 불이 계속 켜지면서 열린 창들이 전부 회색으로 변하는…
하지만 리듬박스로 인터넷 라디오 듣는 것은 문제없이 되곤 했습니다.
디스크를 읽는 프로그램들이 전부 일시정지 했더라죠.
게다가 메모리를 많이 먹는 녀석이라도 띄우면 swap이 갑자기 상승하면서 하드디스크를 쉴새없이 긁어대는…
무언가 충돌이 일어났는지 한참을 기다려도 회복 안될때가 있는데…
그럴 때는 디스크를 사용하는 프로그램을 하나만 남기고 다 죽이면 해결되곤 했습니다.
Gnome조차도 뻗어서 아무런 작동이 안될 때도 있는데…
그런 때에는 Ctrl+Alt+F1을 눌러서 터미널로 로긴하고
top과 ps -A 명령으로 확인한 후 kill 명령으로 죽여서 해결했습니다.
제가 손목이 좋지 않아서 마우스의 자동클릭 기능을 사용하고 있었는데, 그 기능이 가끔 꺼지기도 하는(기능을 껐다가 켜면 다시 작동됨) 등 좀 불안한 모습을 보였었지만, 그게 그 프로그램 자체의 불안정이지 gnome 전체를 먹통으로 만든 범인이라고는 생각 못했었는데, 그 기능을 끄고 사용할 때는 이렇게 다운되는 일이 없더군요.