우분투 12.04 데스크톱 버전 setuid 관해서.. 질문하나할께요

우분투 12.04 데탑 버전 설치를 했습니다.
용도는 개인 블로그 홈페이지로 운영하려고 웹서버를 설치하였습니다.

보안에 무지하다보니… 최소한 보안문제 막아보고자
root소유의 모든 setuid, setgid 걸려있는 파일들을
찾아 setuid, setgid를 죄다 제거하였습니다. (sudo 제외…)
(다른 권한은 일절 바꾸지 않았습니다…)

그뒤 아파치서버나 다른작업은 정상적으로 이뤄지는것을 확인했는데
오늘 확인해보니 우분투소프트웨어센터와 업데이트가 정상작동하지 않은걸 확인했습니다.

apt-get명령어으로는 정상작동하구요.

혹시 권한을 전부 제거해서 나타는 현상인지 문의드립니다.
아니면 혹시 알려진 다른문제가 있는건 아닌지요.
읽어주셔서 감사합니다.