우분투 서버 java 모듈 구동후 메모리 반환 문제

웹개발을 해오다 bio Informatics쪽으로 이직하여 일을하고 있는 6년차 개발자입니다.
주로 java언어를 쓰고 있었고 이직후 서버쪽에 관련된 업무를 추가적으로 하다보니 어려움이 있어서 문의드립니다.

리눅스 서버(Ubuntu 16.04.2 LTS)에서 자바로 개발한 모듈을 구동한후 available에서는 494G가 남아있고
used로 358G가 잡히는 현상이 있습니다.

모듈구동은 끝났지만 used로 메모리가 잡혀있다보니 모듈 재구동시에 문제가 발생됩니다.
우선 좀비 프로세스는 없으며, 각 프로세스별 메모리를 실제로 많이 먹고 있는 것이 있는지 찾아 봤는데 없었습니다.

구동되는 모듈은 blastn이나 개발된 모듈에 의해 동작하며 파일생성 및 삭제 DB Transaction등이 있습니다.
혹시 이와 같은 이슈사항에 대해 해결 방법이 있는지 문의드립니다

        total         used           free        shared         buff/cached         avilable

mem : 503G 358G 133G 22M 11G 494G
Swap : 30G 62M 30G