답변이 아니라서 정말 죄송합니다만, "파일을 연다"는 것이 "파일을 실행하다"는 것과는 참으로 다릅니다. 파일을 연다는 것은 대체로 그 파일을 열 수 있는 프로그램을 실행한다는 의미이고, 파일을 실행한다는 것은 해당 OS에서 실행할 수 있는 프로그램을 말 그대로 실행한다는 것이죠. (어… 말이 좀… ㅋㅋ)
말씀하진 프로그램들은 리눅스에서 "실행"할 수 있는 것들은 아닌 것 같습니다. 해당 문제의 해결책들은 다른 분들이 아신다면 아마도 답변을 주시지 않을까 합니다.
네이트온은 리눅스 버전을 따로 받으시거나 pidgin의 pidgin-nateon플러그인을 사용하셔야 합니다. 어느쪽을 쓰셔도 윈도우즈 버전의 네이트온이랑은 큰 차이가 있으니 그건 감안하셔야 하며… 리눅스 버전 네이트온을 사용하시려는 경우는 관련 글타래를 검색해 보시기 바랍니다. 자잘한 문제가 몇가지 있었던 것으로 기억합니다. (전 pidgin족이라…)
그리고 우분투가 아니라 어느 비 윈도우즈 OS를 쓰시더라도 한국 게임은 무조건 포기하셔야 합겁니다. 적어도 제가 아는 한도 안에서는 한국 온라인 게임을 리눅스에서 돌릴 수 있는 방법은 없습니다.